此外，全片藉由三位童年時曾一起見到UFO的主角，描述他們不同的成長經歷，回看香港的歷史，從股票狂飆、金融風暴、九七主權移交乃至SARS爆發，引起香港人的共鳴。為呈現片中80、90與2000年代的香港，製作過程格外耗費時間與心思。
導演梁栢堅坦言，在香港做有年代感的戲很辛苦，因為香港變化太快，場景處理要花很多力氣。「接戲時我很清楚，城市裡的大場景盡量不要拍，因為每個鏡頭都要再處理，非常麻煩。拍攝街道時，也設法不要拍到車子，但有時候還是沒辦法。」
梁栢堅舉例，片中黃又南的爺爺在九七香港主權移交中國前過世，他深夜在大雨的街上痛哭，但街上有現在的停車收費表，不符合當年樣貌，只好用特效修掉。他也透露，電影2019年曾在香港亞洲電影節開幕放映，當時版本與現在有一點改動，「因為那個年代沒有導盲磚，又要用特效修掉。」
至於花最多力氣的應該是主要場景之一的華富邨。梁栢堅解釋：「80年代華富邨的外觀和現在差很大。以前的窗戶外是陽台，現在都是鋁窗、空調冷氣，這些都要用特效，一個窗戶、一個窗戶去修。我們參考一些保留原本外觀的住戶，然後一個個改回去。還有華富邨現在後面有很多豪宅，但以前沒有，所以也要修掉。這些特效觀眾看戲時不會特別有感覺，但如果不做就穿幫，打斷情緒。」他開玩笑說：「可能因為特效都看不出來，所以特效項目沒得金像獎。」
全片製作預算約1500萬港幣（約6000萬新台幣），因故事年代橫跨不同年代、場景也多，必須一直轉景。一般港片可能20天左右就拍完，這部片50個工作天才殺青。但梁栢堅表示，《再見UFO》是他當導演30年來，天氣最配合的一次，「要雨有雨，要晴就晴。」像九七回歸當晚下大雨的戲，原本準備好兩輛水車要做人造雨，結果拍攝時大雨下到天亮。還有海報中4個孩童在社區屋頂施放汽球的場景，地面湧現雲朵、晴空中雲層似薄紗，「當時的天空就是這樣！完全沒修圖！」
